Poco tiempo después que la Banda se creó la Escolanía, que aunque estuvo inactiva durante unos años, volvió a resurgir en el curso 1998/99 con el objetivo principal de enriquecer la oferta musical malagueña y dar a conocer la música polifónica escrita para voces blancas. Ha participado durante años en los Conciertos Didácticos, organizados por el Área de Cultura del Ayuntamiento de Málaga y sigue ofreciendo numerosos conciertos cada año. En nuestra Escolanía estuvo durante su primera etapa, alguien tan popular y querido en nuestro colegio, como el barítono internacional Carlos Álvarez, que demostrando lo unido que se siente a su colegio apadrinó a la Escolanía en su resurgimiento y ,siempre que puede, trata de hacer un hueco para venir a dar una clase a los pequeños cantores.